Samsun Kadın Doğum ve Çocuk Hastalıkları Hastanesi 1937 yılında Samsun Belediyesi tarafından Samsun Doğum ve Çocuk Bakımevi adıyla hizmete açılmıştır. Daha sonra Sağlık ve Sosyal Yardım Bakanlığı bütçesine alınmıştır.1939 yılında Şehir Kulübü civarında Samsun Doğum ve Çocuk Bakımevi için yeni bir bina yapımına başlanmıştır, ancak 2.Dünya Savaşı sıralarında tamamlanması mümkün olmamıştır. Bu nedenle 1954 yılında bugün (eski) Kamu Sağlığı Merkezi olarak bilinen binaya taşınmıştır.

        1984 yılında Samsun  Kadın Doğum ve Çocuk Hastalıkları Hastanesi Samsun 100.Yıl Bulvarı üzerinde Pafta No:63 Ada No:15 olan Mehmet Aydın Devlet Hastanesi ile ortak tapulu alan üzerine taşınan hastane, 170 yataklı olarak 2001 yılına kadar hizmete devam etmiştir. 1998 yılında başlatılan modernizasyon çalışmalarıyla hastane, hem fiziki hem de teknik hizmetler, ekipman ve hizmet anlayışı konusunda hızlı bir değişim sürecine girmiştir. Öncelikli olarak bir Doğum Hastanesinin temel üniteleri olan modern bir doğum salonu kurulmuş ve teknik ekipmanla desteklenmiştir. 25 yataklı modern bir prematüre yoğun bakım ünitesi hizmete açılmış, ameliyathane sayısı 4 e çıkarılarak modernize edilmiş ve reanimasyon odası hizmete açılmıştır. 2000 yılında Görüntüleme Merkezi, USG, Mamografi, Kemik Dansitometrisi ile hizmete açılmıştır. Laboratuvar her türlü tetkik yapacak hale gelmiş, Kan Bankası, Patoloji ve Mikrobiyoloji gibi yeni bölümler kurulmuştur.

       Samsun Mehmet Aydın Eğitim ve Araştırma hastanesinin taşınması sonucunda ortak alan üzerinde bulunan Eğitim ve Araştırma Hastanesine ait olan poliklinik binası Kadın Doğum ve Çocuk Hastalıkları Hastanesine eklenmiştir. Bu bina 2004 yılında 1071 m²’lik oturma alanı üzerinde yapılmış olup 4860 m²’lik kapalı alana sahiptir. Bina bodrum ve zemin katla birlikte toplam 5 (beş) kattan oluşmaktadır. Bu binada her doktora bir poliklinik odası hazırlanarak verilmiş ve poliklinik hizmetini destekleyecek birimlerle birlikte faal hale getirilmiştir. Ayrıca Hastanemizde branş dalları olan Çocuk Kardiyoloji, Çocuk Nefroloji, Çocuk Nöroloji,Çocuk Allerji,Çocuk Cerrahi,Çocuk Neonatoloji ve Çocuk Hematoloji ve Onkoloji  alanlarında da kesintisiz hizmet verilmektedir.

      Samsun Mehmet Aydın Eğitim ve Araştırma Hastanesinin yataklı servis ve idari birimlerinin de Kadın Doğum ve Çocuk Hastalıkları Hastanesine verilmesiyle Samsun Mehmet Aydın Eğitim ve Araştırma Hastanesinin eski binasına taşınmıştır.27905 m²’lik kapalı alanda tek ve çift kişilik toplam 280 yatak sayısıyla hizmet vermektedir.