İnşaatı 456 yıl önce tamamlandı. 1843 yılında kadınlara tahsis edildi. Bir dönem kadınlar hapishanesine dönüştürüldü. Bakımsızlıktan harab oldu, onarıldı. Deprem ve yangın gibi nedenlerle çöktü, yeniden diriltildi. Bugün, yeni açılan modern ek binası ile birlikte Sağlık Bakanlığı'na bağlı tam teşekküllü bir Eğitim ve Araştırma Hastanesi olarak yine ayakta, Türk Halkı’nın ve Türk Tıbbı’nın hizmetinde.

Kadınlarımız tarih boyunca yaptıkları darüşşifalar (hastaneler) ve sosyal yardım kurumlarıyla hastalara ve düşkünlere yardım etmişlerdir. Bunlardan biri de Kanuni Sultan Süleyman'ın hasekisi, II. Selim'in annesi "Hürrem Şah" yani "Haseki Sultan"dır. Haseki Sultan, bugün Haseki Hastanesi'nin bulunduğu Avratpazarı mevkiinde, Mimar Sinan'a cami, medrese, imaret, sıbyan mektebi ve darüşşifa ihtiva eden bir külliye inşaa ettirdi. Haseki Külliyesi'nin şöhreti semtin adını aşınca bölge "Haseki" adıyla anılmaya başlandı.

Haseki Sultan Darüşşifası' nın inşaatı 1550 yılında tamamlandı. Zaman içinde değişen fonksiyonuna uygun olarak isim değiştirdi. 1551 tarihli vakfiyesinde; darüşşifanın genel bir tedavi kurumu olduğu açıkça belirtilir.Vakfiyede sağlık personeli olarak; iki doktor, bir kehhal (göz hekimi), bir cerrah, bir eczacı, dört hastabakıcı ile idrar şişelerine bakan iki hizmetli öngörülmektedir. Vakıf koşullarına göre, idari ve yardımcı görevliler ile birlikte darüşşifada çalışanların sayısı 28’dir. Bu sayı zamanla artmıştır. 1558 yılında görevlilerin ücretleriyle birlikte Haseki Darüşşifası' nın gideri, 114.550 akçeydi.

Darüşşifa, 1843 yılında, kadınlara tahsis edildi. Bu tarihten sonra; kimsesiz, bakıma muhtaç, evsiz barksız hasta ve çaresiz kadınları tedavi eden bir kadın hastanesi oldu. 1869'da Zaptiye Müşirliği'nin yönetimine geçti ve "Nisa Tevkifhanesi" adını aldı. Artık halk arasında "Haseki Zindanı" adıyla tanınıyordu. Bir ara tevkifhanenin iki koğuşu boşaltılıp 30 yataklı bir hastane haline getirildi ve hasta tutuklu kadınlara ayrıldı. Resmi yazışmalarda, “Haseki Tevfikhanesi’nde Bulunan Nisa Hastanesi" adı kullanılıyordu. Zaptiye Müşirliği'ne bağlı olduğu yıllarda, yatan hastalar, zaptiye hekimleri tarafından tedavi ediliyor, zaman zaman da dışarıdan başvuran kadın hastalara poliklinik hizmeti veriliyordu. Bir odasında muhtaç aceze kadınlar barınıyor, diğer bir odası ise kadın tutukevi olarak kullanılıyordu. Bu dönemde, hekimler başka görevleri nedeniyle hastaneye 10-15 günde bir gelebildikleri için düzenli tedavi yapamıyordu. llk olarak 1871 yılında bir eczacı ile Dr. Kiyako, 1872'de de ikinci bir hekim, daimi statüde görevlendirildi.

Mart 1880'de hastanenin yönetimi Şehremaneti'ne (belediye) geçti. Hastalar ile mahkum kadınlar, Sultanahmet'te yeni yaptırılan Nisa Tevkifhanesi'ne nakledildi. Bakımsızlıktan harabeye dönmüş olan darüşşifaya da düşkünler kabul edilmeye başlandı. Şehremaneti 1884'de Moralı Ali Şefik Bey' in konağını satın alıp onardı. Böylece 1885'te yatak kapasitesi 100'e yükseldi. Bir süre sonra eski bir bina olan bu konak da ihtiyaca cevap veremez oldu. 1889'da yıktırıldı, yanındaki Salih Paşa Konağı'nın bahçesinden bir bölüm istimlak edildi. m istimlak edildi. Bu arsa üzerinde, Mimar Patrocle Kompanaki'nin planına göre, o yıllarda Avrupa' da çok revaçta olan pavyon sisteminde modern bir hastane yapılmaya başlandı. Bu plana göre hastanede 12 ahşap koğuş, ameliyathane, sterilizasyon odası, iki katlı bir memurlar dairesi ile bir aceze (düşkünler) pavyonu yer alacaktı. Ocak 1891'de, dahiliye ve hariciye pavyonlarıyla, ameliyathane, memurlar dairesi ve bazı müştemilat hizmete girdi. Son derece modern ameliyathanesi sterilizasyona çok uygun bir şekilde tavanı kubbeli olarak inşa edildi, yağlıboya ile boyandı, duvarları da camla kaplandı . Yurdumuzda asepsi ve antisepsi ilk kez burada uygulandı. Yatak sayısı 200'e çıktı ve 1893 yılında pavyonlara hasta kabul edilmeye başlandı. 10 Temmuz 1894 günü meydana gelen büyük depremde darüşşifa binası büyük hasar görünce boşaltıldı.

Hastane, 1908'de, II. Meşrutiyet'in ilanından sonra belediyeye bağlı olarak kurulan, Müessesat-ı Hayriye-i Sıhhiyye Müdüriyeti'ne bağlandı. Burada barınan düşkünler ile sakatlar Darülaceze'ye nakledildi. Böylece yatak sayısı 250'ye yükseltildi. Sulu konak arasıhastaneye dahil edilerek cadde üzerindeki mutfak poliklinik haline getirildi. Arka tarafta da büyük bir mutfak ve müstahdem lojmanı yapıldı.

1910' da ahşap pavyonlar, 1911-1913 yıllarında boş olan darüşşifa binası onarıldı. Tarihi darüşşifa binası, "Haseki Meccanın Müşahedehanesi" adıyla akıl hastalarının gözlem ve tecriti için kullanılmaya başlandı. 1911 yılında temeli atılan Nurettin Bey Pavyonu araya giren Balkan ve 1. Dünya Savaşları nedeniyle tamamlanamadı. Ancak 1924 yılında hizmete girebildi. 50 yataklı bu pavyon ile yatak sayısı 300' e yükseldi. 1918' de çıkan bir yangın tarihi darüşşifa binasını yeniden harabeye çevirdi. Dönemin Vali ve Belediye Başkanı Lütfi Kırdar'ın gayretleriyle 1946'da onarıma alındı, 1948 yılında yeniden faliyete geçirildi. Cumhuriyetin ilk yıllarında hastanenin adı " Türkiye Cumhuriyeti İstanbul Şehremaneti Haseki Nisa Hastanesi" 1930' larda ise "Haseki Kadınlar Hastanesi" idi. 1933 Üniversite Reformu' nda, Haydarpaşa' da bulunan Tıp Fakültesi İstanbul yakasına nakledilince; fakültenin kadın-doğum, tedavi ve farmakoloji ile II. hariciye klinikleri Haseki Hastanesi'ne yerleştirildi. Bu sırada müstahdem lojmanı yıkılarak yerine 200 kişilik bir anfi yapıdı. Kısa bir süre sonra üst katına bir kat eklenerek 1935' te 35 yataklı bir septik doğum servisi açıldı. Kadın-Doğum kliniğinin buradan, 1967'de Cerrahpaşa'ya taşınıncaya kadar, yaptığı çalışmalar hastaneye bir doğum hastanesi görünümünü kazandırdı.

İstanbul' da 1951 yılında uygulamaya konulan Klaskon Yasağı'nın anlaşılması için, Fahrettin Kerim Gökay'ın vali ve belediye reisi olduğu 1952 yılında, hastane bahçesinde yapımına başlanan bir binaya, sembolik olarak "Klaskon Yasağı Pavyonu" adı verildi. İnşaat, belediyeden sağlanan ödeneğe eklenen bağışlarla kısa sürede tamamlandı. Klaskon Yasağı Pavyonu, 23 Kasım 1953 günü törenle hizmete girdi. 1962 yılında bu pavyonun üzerine 60 yataklı ikinci bir kat çıkıldı. Burada İ.Ü. Tıp Fakültesi kadın-doğum kliniği 1967' de Cerrahpaşa' ya taşınınca, çevre halkına hizmet amacıyla yeni bir kadın-doğum kliniği açıldı. Hastane bünyesinde; 1965'de; fizik tedavi ve rehabilitasyon, elelektro-ensefalografi ve miyelografi merkezleri, 1968'de psikoloji laboratuvarı kuruldu. 1972' de yeni Nureddin Bey Pavyonu faaliyete geçti.Darüşşifa binası 1946'da onarılarak Haseki Hastanesi'nin polikliniği olarak yeniden kullanıma girdi. Vakıflar İdaresi' ne bağlı olan Haseki Külliyesi 1963'de genel onarıma alındı . Onarım çalışmaları tamamlandıktan sonra Darüşşifa binası 1974 yılında Diyanet İşleri Başkanlığı tarafından kiralandı ve dini eğitim kurslarına tahsis edildi.

1994 yılında imzalanan protokolle Sağlık Bakanlığı’na devredilen Haseki Hastanesi eğitim hastanesine dönüştürüldü. 1998 yılında Haseki Eğitim ve Araştırma Hastanesi adını alarak faaliyetlerini sürdürdü.

2006 yılı başında açılan ek hizmet binasının temeli Op. Dr. Alaattin YAVAŞÇA’nın başhekimliği döneminde 1985 tarihinde atıldı. 21 yıl boyunca kaba inşaat olarak bekleyen proje, Op. Dr. Haldun ERTÜRK’ün başhekimliği döneminde yeniden canlandırıldı. Gerekli protokollerin imzalanması ve İl Özel İdaresi’nden gerekli ödeneğin ayrılmasını takiben nihayet 09.07.2004 tarihinde 9.818.500 TL bedelle ihale edilerek kısa bir zamanda bugünkü halini aldı. Ek hizmet binasında Ortopedi ve Travmatoloji, Kulak Burun Boğaz, Beyin Cerrahisi, Göz, Üroloji, Genel Cerrahi Kliniklerinin yerleştiği 114 adet, banyo, tuvalet, telefon ve televizyonlu hasta odası, 206 hasta yatağı, 14 ameliyathane, 16 yoğun bakım ve reanimasyon ünitesi, Biyokimya, Klinik Biyokimya ve Mikrobiyoloji Laboratuvarları, son sistem sterilizasyon birimi, otomatik ısıtma, soğutma ve havalandırma sistemi bulunmaktadır.

2012 yılı başında Kızılay Poliklinik binası hizmete açıldı.Yeni ve modern poliklinik binamız ile birlikte hizmet kapasitemiz ve kalitemizi arttırarak halkımıza sunduğumuz sağlık hizmetini bir adım daha ileri taşımış olduk.

Hedefimiz halen ciddi altyapı sorunları olan diğer binalarımızı da Haseki adına yakışır kalite düzeyine getirmektir. Bununla ilgili olarak projelendirme faaliyetleri yürütülmektedir.