Sehir eski çaglarda Homeros'un Ilyada destaninda geçen Paflagonya bölgesinde yer almaktadir ve bilinen tarihi M.Ö. 3000 yillarina kadar gider.
M.Ö. 3000 ve 4000 tarihli tümülüsler, Safranbolu'nun insan yerlesimi açisindan uzun bir tarihî oldugunu göstermektedir.
Sehir Flaviopolis, Theodoropolis, Hadrianopolis, Germia ve Dadibra (Dadybra) gibi antik kasabalarla yorumlanmistir.
Bölgedeki bilinen ilk medeniyetler Hititlerin komsulari olan Gaspalar ve Zalpalardir.
Bölgede sirasi ile Hititler, Frigler, dolayli yoldan Lidyalilar, Persler, Helenistik Kralliklar (Pondlar), Romalilar (Bizans), Selçuklular, Çobanogullari,
Candarogullari ve Osmanlilar egemenlik kurmuslardir.

Sehir Selçuklular tarafindan fethedildiginde adi Dadibra idi.
Safranbolu, Selçuklu Sultani II. Kiliç Arslan'in oglu Muhiddin Mesut Sah tarafindan 1196 tarihinde Türklerin eline geçmistir.
Muhiddin Mesut Sah, Yunan-Bizansli nüfusa savasmadan teslim olmalari durumunda hayatlarini koruyacagina söz vermis fakat kayitlara göre sehir savasla ele geçirilmistir.
Hristiyanlara ne oldugu hakkinda bir bilgi yoktur. 1213-1280 tarihleri arasinda Çobanogullari, 1326-1354 tarihleri arasinda Candarogullari ve 1423 yilindan sonra da Osmanli Devleti'nin elinde bulunmustur.
Su anki Kiranköy bölgesinde, Yunan topluluk bulunmaktaydi. Burasi daha sonra merkez Yunan mahallesi olmus ve 1923'teki nüfus degisimi bu bölgede gerçeklesmistir.
Selçuklularin idaresinde sehrin adi Zalifre olmustur ve Sinop - Kastamonu - Safranbolu - Gerede - Sögüt uç bölgesi durumuna gelmistir.
Sonraki yillarda sehir Türkmenler ve Bizanslilar arasinda birkaç defa el degistirmistir.
1213 ile 1280 yillari arasinda kasabayi, Anadolu Selçuklu Devleti'nin uç beyligi durumundaki Kastamonu ve Sinop bölgesine yerlesmis olan Çobanogullari Beyligi yönetmistir.
Daha sonra Çobanogulari Mogol Ilhanlilar'a vergi vermeye baslamistir.

1326'da Candarogulu Süleyman Pasa sehri ele geçirmistir.
1332'de Kastamonu'ya gitmekte olan Ibn Battuta ve Kastamonu pasasinin oglu vali Ali Bey ile görüsmüstür.
Ibn Battuta'ya göre geldiginde, Hanefi ögretisini ögretmekte olan bir medrese bulunmaktaydi.
Candarogullari dönemiyle bölgede Islami mimari hareketlenmistir, bu dönemde Gazi Süleyman Pasa Camii kullanilmaktaydi.
Ayrica eski bir Bizans kilisesi, iki hamam ve çesitli çesmeler bulunmaktaydi. Diger benzer bir Islami yapilanma ancak 17.yüzyilda olacaktir.
Geleneksel Safranbolu evi.

Safranbolu 14. yüzyilin ortalarinda ilk defa Osmanli kontrolüne geçmistir ve bu tarihten 1416'da tamamen fethedilene kadar Osmanli Devleti ile Candarogullari arasinda bir sinir bölgesi olmustur.
Bölgeye Osmanlilar Yörükan-i Tarakli olarak bilinen çok sayida Türkmen göçebeyi yerlestirmeye çalismistir ve sehrin ismi bu dönemden sonra Tarakli Borglu veya kisaca Borglu ve Borlu olarak adlandirilmistir.
18. yüzyilin ortalarinda ZagfiranPolis kullanilmaya baslanmistir ve daha sonra 19. yüzyilin ortasinda kisa bir süre için Zagfiran Benderli kullanilmistir fakat 19. yüzyilin son çeyreginde Zagfiran Bolu olarak degismistir.
En son olarak ise Zafranbolu ve daha sonra Safranbolu sekline dönüsmüstür.

Osmanli Devleti zamaninda özellikle 17. yüzyilda Istanbul-Sinop kervan yolu üzerinde konaklama merkezi olmasiyla kültürel ve ekonomik olarak en yüksek düzeyine ulasmistir.
Ayni devirde Osmanli sarayi ve devlet adamlari sehre önemli eserler katmistir.

18. yüzyildan baslayarak, III. Selim ve II. Mahmud dönemlerinde de devam eden ve 1850'den sonra artan Istanbul'a olan belgelenmis göç ile Safranbolulular sarayda etkili olmaya baslamislardir.
Göçmenlerin çogunlugu firincilik veya denizcilik yapmaktaydilar.
Xavier de Planhol'a göre 1860'dan baslayarak Safranbolulular Istanbul'da firincilik konusunda tekel kurmuslardi ve firinlarda çalisan yaklasik her bes kisiden üçü Safranbolu bölgesinden gelmekteydi.
Büyük ihtimalle mevki sahibi ve taninmis kisiler Safranbolu'dan akrabalarini, arkadaslarini veya müsterilerini Istanbul'a getirmekteydiler.
Planhol'a göre Safranbolu'dan Istanbul'a gelen Yunanlarin büyük çogunlugu denizcilik yapmaktaydilar.
1939'da isletmeye alinan Karabük Demir Çelik Fabrikasi ile Karabük ilgi merkezi durumuna gelmistir ve Safranbolu 1950'lerde Anadolu'da gerçeklesen modern sehirlesmeden fazla etkilenmemistir.
Bu nedenle mimari gelenekleri, özellikle yari ahsap, üç odali Pontian Yunan stilinde depreme dayanikli evleri korunmustur.
UNESCO tarafindan 17 Aralik 1994 tarihinde Dünya Miras Listesi'ne alinarak "Dünya Kenti" unvanini almistir.
Dünya Miras Sehirleri Organizasyonu'nun (OWHC) aktif üyesi olan Safranbolu'da 2000 yilinda OWHC yönetim kurulu toplantisi düzenlenmistir.